MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Pseudomonas syringae pv. phaseolicola 1448A small plasmid

Total Repeats: 111

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_007275	CGG	2	6	34	39	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_007275	AC	3	6	92	97	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
3	NC_007275	GTGC	2	8	1641	1648	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
4	NC_007275	AGTT	2	8	1725	1732	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
5	NC_007275	TCAG	2	8	1739	1746	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
6	NC_007275	TTG	2	6	3502	3507	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
7	NC_007275	T	6	6	3568	3573	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_007275	ACG	2	6	3578	3583	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
9	NC_007275	ACCG	2	8	3591	3598	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
10	NC_007275	GGT	2	6	3703	3708	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
11	NC_007275	TACA	2	8	3745	3752	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
12	NC_007275	AAC	2	6	3758	3763	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
13	NC_007275	GGA	2	6	4454	4459	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
14	NC_007275	CGA	2	6	4473	4478	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
15	NC_007275	AGCG	2	8	4485	4492	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
16	NC_007275	TAAA	2	8	4514	4521	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_007275	TGG	2	6	4562	4567	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
18	NC_007275	CTT	2	6	4936	4941	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
19	NC_007275	ACC	2	6	5479	5484	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
20	NC_007275	ACC	2	6	5488	5493	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
21	NC_007275	CTG	2	6	5542	5547	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
22	NC_007275	TCA	2	6	5745	5750	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
23	NC_007275	TAT	2	6	6795	6800	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_007275	ATG	2	6	6813	6818	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
25	NC_007275	CAGGG	2	10	6982	6991	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
26	NC_007275	TTC	2	6	7680	7685	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
27	NC_007275	TCG	2	6	7713	7718	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
28	NC_007275	GCA	2	6	7727	7732	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
29	NC_007275	CCA	2	6	7734	7739	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
30	NC_007275	TGG	2	6	7784	7789	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
31	NC_007275	AGG	2	6	7800	7805	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
32	NC_007275	CTG	2	6	7810	7815	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
33	NC_007275	CT	3	6	7817	7822	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
34	NC_007275	AG	3	6	7856	7861	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
35	NC_007275	CCG	2	6	7880	7885	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
36	NC_007275	CCG	2	6	7945	7950	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
37	NC_007275	AGAA	2	8	8282	8289	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
38	NC_007275	TGC	2	6	8415	8420	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
39	NC_007275	AATC	2	8	8451	8458	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
40	NC_007275	TG	3	6	8497	8502	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
41	NC_007275	GTA	2	6	8515	8520	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
42	NC_007275	ACG	2	6	10456	10461	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
43	NC_007275	TGAA	2	8	10481	10488	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
44	NC_007275	GTTC	2	8	10504	10511	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
45	NC_007275	TGA	2	6	10673	10678	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
46	NC_007275	TAG	2	6	10712	10717	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
47	NC_007275	GCA	2	6	10720	10725	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
48	NC_007275	CTG	2	6	10731	10736	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
49	NC_007275	AGT	2	6	10740	10745	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
50	NC_007275	GCT	2	6	10758	10763	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
51	NC_007275	CTGA	2	8	10845	10852	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
52	NC_007275	TGA	2	6	10868	10873	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
53	NC_007275	GGC	2	6	11027	11032	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
54	NC_007275	CGT	2	6	11049	11054	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
55	NC_007275	G	6	6	11079	11084	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
56	NC_007275	GGCTT	2	10	11118	11127	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
57	NC_007275	AAAGG	2	10	11134	11143	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
58	NC_007275	TGA	2	6	11146	11151	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
59	NC_007275	GCCT	2	8	12473	12480	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
60	NC_007275	A	7	7	12509	12515	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_007275	TGA	2	6	12528	12533	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
62	NC_007275	CAG	2	6	12540	12545	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
63	NC_007275	CTG	2	6	12605	12610	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
64	NC_007275	ACTTC	2	10	12619	12628	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
65	NC_007275	ATC	2	6	12662	12667	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
66	NC_007275	GCA	2	6	12740	12745	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
67	NC_007275	CAG	2	6	12790	12795	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
68	NC_007275	ATA	2	6	12866	12871	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_007275	CCG	2	6	12992	12997	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
70	NC_007275	CTC	2	6	13032	13037	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
71	NC_007275	CTTTT	2	10	13054	13063	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
72	NC_007275	ATC	2	6	14757	14762	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
73	NC_007275	A	6	6	14792	14797	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_007275	AGC	2	6	14809	14814	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
75	NC_007275	GTG	2	6	14843	14848	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
76	NC_007275	CAC	2	6	14863	14868	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
77	NC_007275	TCG	2	6	14928	14933	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
78	NC_007275	TA	4	8	16981	16988	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_007275	A	7	7	24749	24755	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_007275	GGC	2	6	25101	25106	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
81	NC_007275	CTC	2	6	26043	26048	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
82	NC_007275	AC	3	6	26051	26056	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
83	NC_007275	CT	3	6	26074	26079	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
84	NC_007275	CAA	2	6	26082	26087	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
85	NC_007275	CCTGC	2	10	33567	33576	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
86	NC_007275	CAG	2	6	35543	35548	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
87	NC_007275	CT	3	6	38116	38121	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
88	NC_007275	AGG	2	6	38126	38131	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
89	NC_007275	GAA	2	6	38434	38439	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
90	NC_007275	TCG	2	6	39065	39070	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
91	NC_007275	TCG	2	6	39083	39088	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
92	NC_007275	GCGCA	2	10	39107	39116	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
93	NC_007275	CTG	2	6	41182	41187	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
94	NC_007275	G	6	6	41190	41195	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
95	NC_007275	CAC	2	6	41336	41341	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
96	NC_007275	TTTGGA	2	12	41345	41356	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
97	NC_007275	G	6	6	41383	41388	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
98	NC_007275	C	7	7	41397	41403	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
99	NC_007275	GCGCT	2	10	41457	41466	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
100	NC_007275	TGT	2	6	41467	41472	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
101	NC_007275	AGTC	2	8	41478	41485	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
102	NC_007275	TCAA	2	8	41488	41495	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
103	NC_007275	TCG	2	6	41508	41513	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
104	NC_007275	GC	3	6	45686	45691	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
105	NC_007275	CCG	2	6	46023	46028	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
106	NC_007275	GCGA	2	8	46132	46139	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
107	NC_007275	TTG	2	6	47956	47961	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
108	NC_007275	ACATT	2	10	51265	51274	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
109	NC_007275	GCTC	2	8	51330	51337	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
110	NC_007275	CTA	2	6	51665	51670	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
111	NC_007275	CGA	2	6	51698	51703	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.